Giappone, XIX secolo. Il governo dei Tokugawa, costretto a riaprire il Paese agli stranieri dopo anni di isolamento, si trova dilaniato da lotte interne. In uno sperduto villaggio del nord, il giovane Jiro viene accusato di aver sterminato la sua famiglia. Costretto a fuggire, trova rifugio presso Tenkai, un gigantesco monaco guerriero, che lo addestra alle più raffinate tecniche del ninjutsu. Ma Tenkai ha altri fini: è infatti alla ricerca di qualcosa di molto prezioso.