Sette anni dopo gli straordinari fatti accaduti a Donnie Darko, strani ed inspiegabili avvenimenti tornano a turbare la vita si Samantha, la più giovane sorella di Donnie. Una nuova inquietante profezia, una serie di eventi che sconvolgono lo spazio-tempo e il ritorno del coniglio Frank per annunciare un nuovo conto alla rovescia prima della fine del mondo: 4 giorni, 17 ore, 26 minuti e 31 secondi... Il destino del mondo sarà nelle mani di Samantha.