Sulla Terra cade un meteorite con due sfere luminose. Da una delle sfere si genera Deoxys, il mitico e leggendario Pokémon psico. Sentendosi minacciato Rayquaza, Guardiano dei Cieli, inizia ad attaccare il Pokémon intruso. Quattro anni dopo Ash e i suoi amici raggiungono LaRousse City dove incontrano Tory Lund, il figlio del professor Lund, terrorizzato dai Pokémon.