Hitomi Kanzaki è una studentessa che frequenta il secondo anno delle scuole superiori. In un momento di grave depressione, davanti a lei si manifesta un uomo misterioso vestito di nero. L'uomo invita Hitomi nel pianeta di Gaea, un mondo turbato dal conflitto tra la stirpe dei Draghi Neri, che brama la conquista dell'intero pianeta, e gli Abaharaki, loro nemici giurati. Per sconfiggere i Draghi Neri, Van, ultimo re della stirpe dei Draghi, cerca di conquistare l'armatura del Drago, l'Escaflowne. Ma al suo interno trova Hitomi, poco prima che l'armatura si trasformi in una piccola gemma rossa.