J ha visto cose inimmaginabili nei 15 anni trascorsi nei Men In Black, ma non c'è niente, neanche gli alieni, che renda J così perplesso come il suo sarcastico e reticente collega. Quando la vita di K e il futuro del pianeta sono in pericolo, l'agente J dovrà viaggiare nel tempo per mettere le cose a posto. J scopre che ci sono segreti relativi all'universo che K non gli aveva mai rivelato, segreti che scoprirà collaborando con il giovane agente J, per salvare il collega, l'agenzia e il futuro dell'umanità.