Sono passati due anni da quando Cloud ha lottato e vinto per salvare l'umanità. Il mondo sta per affrontare una nuova minaccia, un male misterioso si sta diffondendo a macchia d'olio, vecchi nemici si preparano alla riscossa. Cloud, che ha abbandonato le vesti da eroe per vivere una vita solitaria, è costretto a combattere di nuovo.