In Episodio I - Il Clone Fantasma Darth Sidious svela la sua intenzione di costruire una nuova super-arma - un clone Sith perfezionato chiamato Jek-14 - per sconfiggere la Repubblica una volta per tutte. Il Maestro Jedi Yoda e i suoi giovani allievi Padawan dovranno lavorare insieme per salvare la galassia. In Episodio II - La Minaccia dei Sith, il conte Dooku usa il suo nuovo e migliorato Clone-a-Matic per creare un esercito di cloni Jek, ma l'originale Jek-14 non vuol aver nulla a che fare con questo piano sinistro. Ora, con l'aiuto di alcuni vecchi amici e due Droidi piuttosto familiari, l'insegnante supplente Anakin Skywalker dovrà condurre la classe Padawan di Yoda verso la vittoria.