Il Maggiore e' un essere unico nella sua specie, il prototipo di quello che molti potrebbero diventare in futuro, e un'arma potentissima. Recuperato da un terribile incidente, il corpo biologico del Maggiore e' stato sostituto con uno interamente artificiale, ma il ghost, cioe' l'anima, e' rimasta la sua. D a qualche parte, la parte più importante, il Maggiore e' ancora umana, anche se (e proprio perche') la sua natura le pone dei dubbi che la tormentano. Li sfrutta Kuze, un misterioso terrorista, che la Section 9, capitanata dal Maggiore e gestita dalla H anka Robotics ha l'ordine di trovare ed eliminare.