Fred Flintstone sostituisce in missione un super agente ferito, del tutto identico nell'aspetto a lui. Il suo obiettivo: trovare l'arci-malvagio Coccia di Morto e impedire che riesca nel suo piano di dominare il pianeta. Così, facendo finta di essere solo una moderna famiglia dell'età della pietra che si prende una vacanza, Fred vola oltreoceano a Eurock con Wilma, Barney e Betty, per far luce su un selvaggio e confuso intrigo da mammut.