Il demoniaco detective Hellboy, in forze al dipartimento per la ricerca sul paranormale e la difesa, è vittima tanto del suo capo Manning, che vorrebbe impedirgli di mettersi in mostra davanti agli umani, tanto della sua fidanzata Liz, che sembra avere un segreto. Intanto un pericolo molto più grande incombe sul mondo intero: il principe delle tenebre Nuada, stanco di obbedire all'umanità, ha risvegliato un esercito leggendario di macchine assassine al fine di annientarla. Il compito di fermarlo spetta a Hellboy.