Nel 2015, quindici anni dopo il Second Impact che ha dimezzato la popolazione umana, il giovane Shinji Ikari deve suo malgrado difendere l'umanità dai misteriosi Angeli pilotando l'Evangelion 01, un'arma piena di segreti. Insieme alle compagne Asuka Soryu Langley e Rei Ayanami riesce ad eliminare tutti gli Angeli. Ma quando la pace sembra finalmente raggiunta, oscuri complotti vengono rivelati e inizia un ultimo e imprevisto assalto che nessuno pare essere in grado di fermare.